使いづらいですね。

慣れろということでしょうかね。

執筆時点の最新バージョンChrome42ですが、ブックマークマネージャが刷新され、タイル状に管理することになりました。
フォルダの中に更にフォルダを作成する方法が判らなくて。。。左ペイン上の「新規」をクリックしなければならないということが判るまで時間を無駄にしましたよ。
bookmark1

私のようなレガシーな人間には元のリスト形式の管理が行いやすいのです。
ということで、リスト形式に戻す設定がありますので備忘録として。

★設定変更方法
  1. chrome://flags/#enhanced-bookmarks-experiment へ移動する
  2. 「拡張ブックマークを有効にする」の設定へ移動してハイライト表示されるので、「既定」や「有効」となっている場合は「無効」に変更する
  3. ブラウザ下部に「再起動」ボタンが表示されるので、ブラウザを再起動する
これで、慣れ親しんだブックマークマネージャが取り返せます。気になる方は是非。

参考。設定画面です。
bookmark2